R is a free software environment for statistical computing and graphics.
...
Seminar Slides
- Programming (A. Pacheco, J. Mack)
- Visualization (A. Pacheco, J. Mack)
Installed Packages
R packages are built using SPACK optimized for the underlying CPU architecture or binary installs using Conda. Applications built by RC staff that are dependent on R use the SPACK built R packages.
...
| title | Package List |
|---|
...
Package
...
4.0.3 SPACK
...
4.0.3 Conda
...
acepack
...
1.4.1
...
amap
...
0.8-17
...
animation
...
2.6
...
annotate
...
1.62.0
...
AnnotationDbi
...
1.46.1
...
ape
...
5.3
...
argparse
...
2.0.1
...
askpass
...
1.1
...
1.1
...
assertthat
...
0.2.1
...
0.2.1
...
backports
...
1.1.4
...
1.2.0
...
base
...
4.0.3
...
4.0.3
...
base64enc
...
0.1-3
...
0.1-3
...
BBmisc
...
1.11
...
BH
...
1.69.0-1
...
BiasedUrn
...
1.07
...
bibtex
...
0.4.2
...
bigmemory
...
4.5.36
...
bigmemory.sri
...
0.1.3
...
Biobase
...
2.44.0
...
BiocGenerics
...
0.34.0
...
BiocManager
...
1.30.10
...
BiocParallel
...
1.18.1
...
biomaRt
...
2.40.5
...
Biostrings
...
2.52.0
...
bit
...
1.1-14
...
bit64
...
0.9-7
...
bitops
...
1.0-6
...
blob
...
1.2.0
...
1.2.1
...
boot
...
1.3-23
...
1.3-25
...
boot
...
1.3-27
...
1.3-25
...
brew
...
1.0-6
...
brio
...
1.1.0
...
broom
...
0.5.2
...
0.7.2
...
callr
...
3.4.3
...
3.5.1
...
caret
...
6.0-84
...
6.0-86
...
caTools
...
1.17.1.2
...
cellranger
...
1.1.0
...
1.1.0
...
checkmate
...
1.9.4
...
chron
...
2.3-53
...
class
...
7.3-15
...
7.3-17
...
cli
...
2.0.2
...
2.2.0
...
clipr
...
0.7.0
...
0.7.1
...
cluster
...
2.1.0
...
2.1.0
...
cluster
...
2.1.1
...
2.1.0
...
clusterGeneration
...
1.3.4
...
coda
...
0.19-3
...
codetools
...
0.2-16
...
0.2-18
...
codetools
...
0.2-18
...
0.2-18
...
colorspace
...
1.4-1
...
2.0-0
...
combinat
...
0.0-8
...
commonmark
...
1.7
...
1.7
...
compiler
...
4.0.3
...
4.0.3
...
covr
...
3.5.0
...
cowplot
...
1.0.0
...
cpp11
...
0.2.4
...
crayon
...
1.3.4
...
1.3.4
...
crosstalk
...
1.0.0
...
1.1.0.1
...
crul
...
1.0.0
...
ctc
...
1.58.0
...
curl
...
4.3
...
4.3
...
data.table
...
1.12.8
...
1.13.2
...
datasets
...
4.0.3
...
4.0.3
...
DBI
...
1.1.0
...
1.1.0
...
dbplyr
...
1.4.2
...
2.0.0
...
DelayedArray
...
0.10.0
...
dendextend
...
1.12.0
...
desc
...
1.2.0
...
1.2.0
...
DESeq2
...
1.24.0
...
devtools
...
2.3.0
...
DEXSeq
...
1.36.0
...
diffobj
...
0.3.2
...
digest
...
0.6.25
...
0.6.27
...
doParallel
...
1.0.15
...
dplyr
...
0.8.3
...
1.0.2
...
dqrng
...
0.2.1
...
DT
...
0.13
...
0.16
...
dygraphs
...
1.1.1.6
...
1.1.1.6
...
edgeR
...
3.26.8
...
ellipsis
...
0.3.0
...
0.3.1
...
evaluate
...
0.14
...
0.14
...
expm
...
0.999-4
...
fansi
...
0.4.0
...
0.4.1
...
farver
...
2.0.3
...
fastcluster
...
1.1.25
...
fastmap
...
1.0.1
...
fastmatch
...
1.1-0
...
findpython
...
1.0.5
...
fitdistrplus
...
1.0-14
...
flexdashboard
...
0.5.2
...
FNN
...
1.1.3
...
forcats
...
0.4.0
...
0.5.0
...
foreach
...
1.4.7
...
1.5.1
...
foreign
...
0.8-72
...
0.8-80
...
foreign
...
0.8-81
...
0.8-80
...
formatR
...
1.7
...
1.7
...
Formula
...
1.2-3
...
fs
...
1.3.1
...
1.5.0
...
futile.logger
...
1.4.3
...
futile.options
...
1.0.1
...
future
...
1.14.0
...
future.apply
...
1.3.0
...
gbRd
...
0.4-11
...
gdata
...
2.18.0
...
genefilter
...
1.72.1
...
geneLenDataBase
...
1.20.0
...
geneplotter
...
1.62.0
...
generics
...
0.0.2
...
0.1.0
...
GenomeInfoDb
...
1.20.0
...
GenomeInfoDbData
...
1.2.1
...
GenomicAlignments
...
1.20.1
...
GenomicFeatures
...
1.36.4
...
GenomicRanges
...
1.36.1
...
ggdendro
...
0.1-20
...
ggplot2
...
3.2.0
...
3.3.2
...
ggrepel
...
0.8.1
...
ggridges
...
0.5.1
...
gh
...
1.1.0
...
gistr
...
0.4.2
...
0.9.0
...
git2r
...
0.27.1
...
Glimma
...
1.12.0
...
glmnet
...
4.0-2
...
globals
...
0.12.4
...
glue
...
1.4.1
...
1.4.2
...
gmodels
...
2.18.1
...
GO.db
...
3.4.1
...
GOplot
...
1.0.2
...
goseq
...
1.36.0
...
gower
...
0.2.1
...
0.2.2
...
gplots
...
3.0.1.1
...
graphics
...
4.0.3
...
4.0.3
...
grDevices
...
4.0.3
...
4.0.3
...
grid
...
4.0.3
...
4.0.3
...
gridExtra
...
2.3
...
gsubfn
...
0.7
...
gtable
...
0.3.0
...
0.3.0
...
gtools
...
3.8.1
...
haven
...
2.1.1
...
2.3.1
...
hdf5r
...
1.2.0
...
hexbin
...
1.27.3
...
1.28.1
...
highr
...
0.8
...
0.8
...
Hmisc
...
4.4-0
...
hms
...
0.5.0
...
0.5.3
...
htmlTable
...
1.13.1
...
htmltools
...
0.3.6
...
0.5.0
...
htmlwidgets
...
1.3
...
1.5.2
...
httpcode
...
0.3.0
...
httpuv
...
1.5.1
...
1.5.4
...
httr
...
1.4.1
...
1.4.2
...
hwriter
...
1.3.2
...
ica
...
1.0-2
...
igraph
...
1.2.4.1
...
ini
...
0.3.1
...
inline
...
0.3.15
...
ipred
...
0.9-9
...
0.9-9
...
IRanges
...
2.22.2
...
IRdisplay
...
0.7.0
...
IRkernel
...
1.1.1
...
irlba
...
2.3.3
...
isoband
...
0.2.2
...
iterators
...
1.0.12
...
1.0.13
...
janitor
...
1.2.0
...
jsonlite
...
1.6.1
...
1.7.1
...
kableExtra
...
1.3.1
...
KernSmooth
...
2.23-15
...
2.23-18
...
KernSmooth
...
2.23-18
...
2.23-18
...
knitr
...
1.28
...
1.30
...
labeling
...
0.3
...
0.4.2
...
lambda.r
...
1.2.3
...
later
...
0.8.0
...
1.1.0.1
...
lattice
...
0.20-38
...
0.20-41
...
lattice
...
0.20-41
...
0.20-41
...
latticeExtra
...
0.6-28
...
lava
...
1.6.6
...
1.6.8.1
...
lazyeval
...
0.2.2
...
0.2.2
...
leiden
...
0.3.1
...
lifecycle
...
0.2.0
...
limma
...
3.40.6
...
listenv
...
0.7.0
...
lme4
...
1.1-21
...
lmtest
...
0.9-37
...
locfit
...
1.5-9.1
...
loo
...
2.1.0
...
lsei
...
1.2-0
...
lubridate
...
1.7.4
...
1.7.9.2
...
magick
...
2.1
...
magrittr
...
1.5
...
2.0.1
...
maps
...
3.3.0
...
3.3.0
...
markdown
...
1.1
...
1.1
...
MASS
...
7.3-51.5
...
7.3-53
...
MASS
...
7.3-53.1
...
7.3-53
...
Matrix
...
1.2-17
...
1.2-18
...
Matrix
...
1.3-2
...
1.2-18
...
matrixStats
...
0.55.0
...
memoise
...
1.1.0
...
metap
...
1.1
...
methods
...
4.0.3
...
4.0.3
...
mgcv
...
1.8-28
...
1.8-33
...
mgcv
...
1.8-34
...
1.8-33
...
mime
...
0.7
...
0.9
...
minqa
...
1.2.4
...
mlr
...
2.15.0
...
mnormt
...
1.5-5
...
ModelMetrics
...
1.2.2
...
1.2.2.2
...
modelr
...
0.1.5
...
0.1.8
...
multtest
...
2.40.0
...
munsell
...
0.5.0
...
0.5.0
...
ncdf4
...
1.16.1
...
nlme
...
3.1-141
...
3.1-150
...
nlme
...
3.1-152
...
3.1-150
...
nloptr
...
1.2.1
...
nnet
...
7.3-12
...
7.3-14
...
nnet
...
7.3-15
...
7.3-14
...
npsurv
...
0.4-0
...
numDeriv
...
2016.8-1.1
...
2016.8-1.1
...
openssl
...
1.4.1
...
1.4.3
...
openxlsx
...
4.1.0.1
...
pacman
...
0.5.1
...
parallel
...
4.0.3
...
4.0.3
...
parallelMap
...
1.4
...
ParamHelpers
...
1.12
...
pbapply
...
1.4-1
...
pbdZMQ
...
0.3-3.1
...
phangorn
...
2.5.5
...
phytools
...
0.6-99
...
pillar
...
1.4.2
...
1.4.7
...
pkgbuild
...
1.0.8
...
1.1.0
...
pkgconfig
...
2.0.2
...
2.0.3
...
pkgload
...
1.0.2
...
1.1.0
...
plogr
...
0.2.0
...
plotly
...
4.9.0
...
4.9.2.1
...
plotrix
...
3.7-6
...
plyr
...
1.8.4
...
1.8.6
...
png
...
0.1-7
...
praise
...
1.0.0
...
1.0.0
...
prettyunits
...
1.0.2
...
1.1.1
...
pROC
...
1.16.2
...
processx
...
3.4.1
...
3.4.4
...
prodlim
...
2018.04.18
...
2019.11.13
...
progress
...
1.2.2
...
1.2.2
...
promises
...
1.0.1
...
1.1.1
...
proto
...
1.0.0
...
pryr
...
0.1.4
...
0.1.4
...
ps
...
1.3.0
...
1.4.0
...
purrr
...
0.3.4
...
0.3.4
...
quadprog
...
1.5-7
...
quantmod
...
0.4-15
...
0.4.17
...
qvalue
...
2.16.0
...
R.methodsS3
...
1.7.1
...
R.oo
...
1.23.0
...
R.utils
...
2.9.0
...
R6
...
2.4.0
...
2.5.0
...
randomForest
...
4.6-14
...
4.6-14
...
RANN
...
2.6.1
...
rappdirs
...
0.3.1
...
0.3.1
...
rbokeh
...
0.5.0
...
0.5.1
...
rcmdcheck
...
1.3.3
...
RColorBrewer
...
1.1-2
...
1.1-2
...
Rcpp
...
1.0.4.6
...
1.0.5
...
RcppAnnoy
...
0.0.12
...
RcppArmadillo
...
0.9.600.4.0
...
RcppEigen
...
0.3.3.5.0
...
RcppParallel
...
4.4.3
...
RcppProgress
...
0.4.1
...
RCurl
...
1.98-1.2
...
Rdpack
...
0.11-0
...
readr
...
1.3.1
...
1.4.0
...
readxl
...
1.3.1
...
1.3.1
...
recipes
...
0.1.6
...
0.1.15
...
rematch
...
1.0.1
...
1.0.1
...
rematch2
...
2.1.2
...
2.1.2
...
remotes
...
2.1.1
...
repr
...
1.1.0
...
reprex
...
0.3.0
...
0.3.0
...
reshape2
...
1.4.3
...
1.4.4
...
reticulate
...
1.15
...
1.18
...
rex
...
1.1.2
...
rhdf5
...
2.28.1
...
Rhdf5lib
...
1.6.3
...
Rhtslib
...
1.18.1
...
rlang
...
0.4.6
...
0.4.8
...
rmarkdown
...
1.14
...
2.5
...
ROCR
...
1.0-7
...
ROTS
...
1.12.0
...
roxygen2
...
7.1.0
...
rpart
...
4.1-15
...
4.1-15
...
rpart
...
4.1-15
...
4.1-15
...
RPostgreSQL
...
0.6-2
...
rprojroot
...
1.3-2
...
2.0.2
...
Rsamtools
...
2.2.1
...
RSpectra
...
0.15-0
...
RSQLite
...
2.1.2
...
rstan
...
2.19.2
...
rstudioapi
...
0.11
...
0.13
...
rsvd
...
1.0.2
...
rtracklayer
...
1.44.4
...
Rtsne
...
0.15
...
rversions
...
2.0.1
...
rvest
...
0.3.4
...
0.3.6
...
S4Vectors
...
0.26.1
...
scales
...
1.0.0
...
1.1.1
...
scatterplot3d
...
0.3-41
...
sctransform
...
0.2.0
...
SDMTools
...
1.1-221.1
...
selectr
...
0.4-1
...
0.4-2
...
sessioninfo
...
1.1.1
...
Seurat
...
3.1.0
...
shape
...
1.4.5
...
shiny
...
1.3.2
...
1.5.0
...
sitmo
...
2.0.1
...
sm
...
2.2-5.6
...
snakecase
...
0.11.0
...
snow
...
0.4-3
...
sourcetools
...
0.1.7
...
0.1.7
...
spatial
...
7.3-12
...
splines
...
4.0.3
...
4.0.3
...
splitstackshape
...
1.4.8
...
sqldf
...
0.4-11
...
SQUAREM
...
2017.10-1
...
2020.5
...
StanHeaders
...
2.18.1-10
...
statmod
...
1.4.32
...
stats
...
4.0.3
...
4.0.3
...
stats4
...
4.0.3
...
4.0.3
...
stringi
...
1.4.3
...
1.5.3
...
stringr
...
1.4.0
...
1.4.0
...
SummarizedExperiment
...
1.18.2
...
survival
...
3.1-12
...
3.2-7
...
survival
...
3.2-7
...
3.2-7
...
sys
...
3.2
...
3.4
...
tcltk
...
4.0.3
...
4.0.3
...
testthat
...
2.3.2
...
3.0.0
...
tibble
...
2.1.3
...
3.0.4
...
tidyr
...
0.8.3
...
1.1.2
...
tidyselect
...
0.2.5
...
1.1.0
...
tidyverse
...
1.2.1
...
1.3.0
...
timeDate
...
3043.102
...
3043.102
...
tinytex
...
0.15
...
0.27
...
tools
...
4.0.3
...
4.0.3
...
triebeard
...
0.3.0
...
tsne
...
0.1-3
...
TTR
...
0.23-4
...
0.24.2
...
tximport
...
1.12.3
...
tximportData
...
1.18.0
...
urltools
...
1.7.3
...
usethis
...
1.6.1
...
utf8
...
1.1.4
...
1.1.4
...
utils
...
4.0.3
...
4.0.3
...
uuid
...
0.1-4
...
uwot
...
0.1.3
...
vctrs
...
0.2.0
...
0.3.5
...
viridis
...
0.5.1
...
viridisLite
...
0.3.0
...
0.3.0
...
waldo
...
0.2.3
...
webshot
...
0.5.2
...
whisker
...
0.3-2
...
0.4
...
withr
...
2.2.0
...
2.3.0
...
xfun
...
0.8
...
0.19
...
XML
...
3.98-1.20
...
xml2
...
1.3.2
...
1.3.2
...
xopen
...
1.0.0
...
xtable
...
1.8-4
...
1.8-4
...
xts
...
0.11-2
...
0.12.1
...
XVector
...
0.24.0
...
yaml
...
2.2.0
...
2.2.1
...
zeallot
...
0.1.0
...
0.1.0
...
zip
...
2.0.3
...
zlibbioc
...
1.30.0
...
zoo
...
1.8-6
...
1.8-8
How to install R packages?
A variety of R packages are installed however it is recommended that users install packages (newer and updated versions) in their own home directory.
Start interactive R session and install package using the command
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
install.packages('packagename') |
Alternatively, you can add install.packages('packagename') within your R script. By default, R will try to install packages locally to ${HOME/x86_64-pc-linux-gnu-library. If you wish to use a different directory, then you need to set R_LIBS variable to point to that directory.
If you get an error installing packages locally, then use the command
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
install.packages('packagename',lib=Sys.getenv("R_LIBS")) |
...
| title | Deprecated CentOS 7.x Software: Use module load cent7 to use the following modules |
|---|
Which versions of R are available?
There are four version of R available, 3.3.3, 3.4.2, 3.4.3 and 3.5.3. Of the two 3.5.3 version, one version labelled r-bio contains packages from Bioconductor for Bioinformatics research.
Usage
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
module load r-project/3.3.3 |
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
module load r-project/3.4.2 |
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
module load anaconda/python3 |
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
module load r-project/3.5.3 |
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
module load r-bio/3.5.3 |
How to install R packages?
A variety of R packages are installed however it is recommended that users install packages (newer and updated versions) in their own home directory.
The r-project/3.x.y modules sets up a variable, R_LIBS, to install packages in your home directory. Make sure the R_LIBS directory exists
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
mkdir -p ${R_LIBS} |
Start interactive R session and install package using the command
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
install.packages('packagename') |
...
If you get an error installing packages locally, then use the command
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
install.packages('packagename',lib=Sys.getenv("R_LIBS")) |
Installed Packages
...
Package
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
abind
...
1.4-5
...
1.4-5
...
askpass
...
1.1
...
1.1
...
1.1
...
assertthat
...
0.2.0
...
0.2.0
...
0.2.0
...
0.2.0
...
backports
...
1.1.2
...
1.1.1
...
1.1.2
...
1.1.3
...
base
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
base64enc
...
0.1-3
...
0.1-3
...
0.1-3
...
0.1-3
...
BH
...
1.65.0-1
...
1.65.0-1
...
1.65.0-1
...
1.69.0-1
...
bindr
...
0.1
...
0.1
...
0.1
...
bindrcpp
...
0.2
...
0.2
...
0.2
...
bitops
...
1.0-6
...
1.0-6
...
1.0-6
...
boot
...
1.3-18
...
1.3-20
...
1.3-20
...
1.3-20
...
broom
...
0.4.3
...
0.4.3
...
0.4.3
...
0.5.1
...
callr
...
3.2.0
...
2.0.1
...
1.0.0
...
3.1.1
...
car
...
2.1-6
...
caret
...
6.0-78
...
caTools
...
1.17.1.2
...
1.17.1
...
1.17.1
...
cellranger
...
1.1.0
...
1.1.0
...
1.1.0
...
1.1.0
...
chron
...
2.3-51
...
class
...
7.3-14
...
7.3-14
...
7.3-14
...
7.3-15
...
cli
...
1.0.0
...
1.0.0
...
1.0.0
...
1.0.1
...
clipr
...
0.4.0
...
0.5.0
...
0.4.0
...
0.5.0
...
clisymbols
...
1.2.0
...
1.2.0
...
1.2.0
...
cluster
...
2.0.5
...
2.0.6
...
2.0.6
...
2.0.7-1
...
codetools
...
0.2-15
...
0.2-15
...
0.2-15
...
0.2-16
...
colorspace
...
1.3-2
...
1.3-2
...
1.3-2
...
1.4-0
...
compiler
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
crayon
...
1.3.4
...
1.3.4
...
1.3.4
...
1.3.4
...
curl
...
3.1
...
3.1
...
3.1
...
3.3
...
CVST
...
0.2-1
...
datasets
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
data.table
...
1.10.4-3
...
DBI
...
0.7
...
0.7
...
0.7
...
1.0.0
...
dbplyr
...
1.2.0
...
1.2.0
...
1.1.0
...
1.3.0
...
ddalpha
...
1.3.1
...
debugme
...
1.1.0
...
1.1.0
...
DEoptimR
...
1.0-8
...
desc
...
1.2.0
...
1.2.0
...
1.2.0
...
devtools
...
2.0.1
...
2.0.1
...
dichromat
...
2.0-0
...
2.0-0
...
2.0-0
...
digest
...
0.6.14
...
0.6.12
...
0.6.13
...
0.6.18
...
dimRed
...
0.1.0
...
dplyr
...
0.7.4
...
0.7.4
...
0.7.4
...
0.8.0.1
...
DRR
...
0.0.2
...
dygraphs
...
1.1.1.6
...
1.1.1.4
...
ellipsis
...
0.1.0
...
0.1.0
...
0.1.0
...
evaluate
...
0.10.1
...
0.10.1
...
0.10.1
...
0.13
...
fansi
...
0.4.0
...
0.4.0
...
0.4.0
...
flexdashboard
...
0.5.1.1
...
0.5.1
...
forcats
...
0.2.0
...
0.2.0
...
0.2.0
...
0.4.0
...
foreach
...
1.4.4
...
foreign
...
0.8-67
...
0.8-69
...
0.8-69
...
0.8-71
...
formatR
...
1.5
...
fs
...
1.2.6
...
1.2.7
...
1.2.6
...
generics
...
0.0.2
...
0.0.2
...
0.0.2
...
ggplot2
...
2.2.1
...
2.2.1
...
2.2.1
...
3.1.0
...
gh
...
1.0.1
...
1.0.1
...
1.0.1
...
git2r
...
0.24.0
...
0.25.2
...
0.24.0
...
glmnet
...
2.0-13
...
glue
...
1.2.0
...
1.2.0
...
1.2.0
...
1.3.1
...
gower
...
0.1.2
...
graphics
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
grDevices
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
grid
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
gtable
...
0.2.0
...
0.2.0
...
0.2.0
...
0.2.0
...
gtools
...
3.8.1
...
3.5.0
...
haven
...
1.1.1
...
1.1.1
...
1.1.0
...
2.1.0
...
hexbin
...
1.27.1
...
highr
...
0.6
...
0.6
...
0.6
...
0.7
...
hms
...
0.4.0
...
0.4.1
...
0.4.0
...
0.4.2
...
htmltools
...
0.3.6
...
0.3.6
...
0.3.6
...
0.3.6
...
htmlwidgets
...
1.3
...
0.9
...
0.9
...
httpuv
...
1.5.1
...
1.3.5
...
1.3.5
...
httr
...
1.3.1
...
1.3.1
...
1.3.1
...
1.4.0
...
ini
...
0.3.1
...
0.3.1
...
0.3.1
...
ipred
...
0.9-6
...
IRdisplay
...
0.4.4
...
IRkernel
...
0.8.11
...
iterators
...
1.0.9
...
jsonlite
...
1.5
...
1.5
...
1.5
...
1.6
...
kernlab
...
0.9-25
...
KernSmooth
...
2.23-15
...
2.23-15
...
2.23-15
...
2.23-15
...
knitr
...
1.18
...
1.19
...
1.18
...
1.22
...
labeling
...
0.3
...
0.3
...
0.3
...
0.3
...
later
...
0.8.0
...
lattice
...
0.20-34
...
0.20-35
...
0.20-35
...
0.20-38
...
lava
...
1.5.1
...
lazyeval
...
0.2.1
...
0.2.0
...
0.2.1
...
0.2.1
...
lme4
...
1.1-15
...
lubridate
...
1.7.1
...
1.7.2
...
1.7.1
...
1.7.4
...
magrittr
...
1.5
...
1.5
...
1.5
...
1.5
...
maps
...
3.2.0
...
markdown
...
0.8
...
0.8
...
0.8
...
0.9
...
MASS
...
7.3-45
...
7.3-47
...
7.3-48
...
7.3-51.1
...
Matrix
...
1.2-8
...
1.2-11
...
1.2-12
...
1.2-15
...
MatrixModels
...
0.4-1
...
matrixStats
...
0.54.0
...
0.53.1
...
memoise
...
1.1.0
...
1.1.0
...
1.1.0
...
methods
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
mgcv
...
1.8-17
...
1.8-20
...
1.8-22
...
1.8-27
...
mime
...
0.5
...
0.5
...
0.5
...
0.6
...
minqa
...
1.2.4
...
mnormt
...
1.5-5
...
1.5-5
...
1.5-5
...
ModelMetrics
...
1.1.0
...
modelr
...
0.1.1
...
0.1.1
...
0.1.1
...
0.1.4
...
munsell
...
0.4.3
...
0.4.3
...
0.4.3
...
0.5.0
...
nlme
...
3.1-131
...
3.1-131
...
3.1-131
...
3.1-137
...
nloptr
...
1.0.4
...
nnet
...
7.3-12
...
7.3-12
...
7.3-12
...
7.3-12
...
numDeriv
...
2016.8-1
...
openssl
...
0.9.9
...
0.9.9
...
0.9.9
...
1.2.2
...
padr
...
0.4.1
...
0.4.0
...
parallel
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
pbdZMQ
...
0.3-0
...
pbkrtest
...
0.4-7
...
pillar
...
1.1.0
...
1.1.0
...
1.0.1
...
1.3.1
...
pkgbuild
...
1.0.2
...
1.0.3
...
1.0.2
...
pkgconfig
...
2.0.1
...
2.0.1
...
2.0.1
...
2.0.2
...
pkgload
...
1.0.2
...
1.0.2
...
1.0.2
...
plogr
...
0.1-1
...
0.1-1
...
0.1-1
...
0.2.0
...
plyr
...
1.8.4
...
1.8.4
...
1.8.4
...
1.8.4
...
png
...
0.1-7
...
0.1-7
...
pracma
...
2.2.5
...
2.1.4
...
praise
...
1.0.0
...
1.0.0
...
prettyunits
...
1.0.2
...
1.0.2
...
1.0.2
...
processx
...
3.3.0
...
3.3.0
...
3.3.0
...
prodlim
...
1.6.1
...
progress
...
1.2.0
...
1.2.0
...
1.2.0
...
promises
...
1.0.1
...
proto
...
1.0.0
...
ps
...
1.3.0
...
1.3.0
...
1.3.0
...
psych
...
1.7.8
...
1.7.8
...
1.7.8
...
purrr
...
0.2.4
...
0.2.4
...
0.2.4
...
0.3.1
...
quantmod
...
0.4-12
...
quantreg
...
5.34
...
R6
...
2.2.2
...
2.2.2
...
2.2.2
...
2.4.0
...
randomForest
...
4.6-12
...
rbokeh
...
0.6.3
...
rcmdcheck
...
1.3.2
...
1.3.2
...
1.3.2
...
RColorBrewer
...
1.1-2
...
1.1-2
...
1.1-2
...
1.1-2
...
Rcpp
...
0.12.15
...
0.12.13
...
0.12.14
...
1.0.0
...
RcppEigen
...
0.3.3.3.1
...
RcppRoll
...
0.2.2
...
readr
...
1.1.1
...
1.1.1
...
1.1.1
...
1.3.1
...
readxl
...
1.0.0
...
1.0.0
...
1.0.0
...
1.3.1
...
recipes
...
0.1.1
...
rematch
...
1.0.1
...
1.0.1
...
1.0.1
...
1.0.1
...
remotes
...
2.0.2
...
2.0.4
...
2.0.2
...
repr
...
0.12.0
...
reprex
...
0.1.1
...
0.1.2
...
0.1.1
...
0.2.1
...
reshape2
...
1.4.3
...
1.4.2
...
1.4.3
...
1.4.3
...
RJSONIO
...
1.3-0
...
rlang
...
0.1.6
...
0.1.6
...
0.1.6
...
0.3.1
...
rmarkdown
...
1.8
...
1.6
...
1.8
...
1.12
...
R.matlab
...
3.6.2
...
3.6.1
...
R.methodsS3
...
1.7.1
...
1.7.1
...
robustbase
...
0.92-8
...
R.oo
...
1.22.0
...
1.21.0
...
rpart
...
4.1-10
...
4.1-11
...
4.1-11
...
4.1-13
...
rprojroot
...
1.3-2
...
1.2
...
1.3-1
...
1.3-2
...
rstudioapi
...
0.7
...
0.7
...
0.7
...
0.9.0
...
R.utils
...
2.8.0
...
2.5.0
...
rvest
...
0.3.2
...
0.3.2
...
0.3.2
...
0.3.2
...
rzmq
...
0.9.3
...
scales
...
0.5.0
...
0.5.0
...
0.5.0
...
1.0.0
...
selectr
...
0.3-1
...
0.3-1
...
0.3-1
...
0.4-1
...
sessioninfo
...
1.1.1
...
1.1.1
...
1.1.1
...
sfsmisc
...
1.1-1
...
shiny
...
1.3.0
...
1.0.5
...
1.0.5
...
sourcetools
...
0.1.7
...
0.1.6
...
0.1.6
...
SparseM
...
1.77
...
spatial
...
7.3-11
...
7.3-11
...
7.3-11
...
7.3-11
...
splines
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
stats
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
stats4
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
stringi
...
1.1.6
...
1.1.5
...
1.1.6
...
1.4.3
...
stringr
...
1.2.0
...
1.2.0
...
1.2.0
...
1.4.0
...
survival
...
2.40-1
...
2.41-3
...
2.41-3
...
2.43-3
...
sys
...
3.1
...
3.1
...
3.1
...
tcltk
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
testthat
...
2.0.1
...
2.0.0
...
tibble
...
1.4.1
...
1.4.2
...
1.4.1
...
2.0.1
...
tidyr
...
0.7.2
...
0.8.0
...
0.7.2
...
0.8.3
...
tidyselect
...
0.2.3
...
0.2.3
...
0.2.3
...
0.2.5
...
tidyverse
...
1.2.1
...
1.2.1
...
1.2.1
...
1.2.1
...
timeDate
...
3042.101
...
tinytex
...
0.11
...
0.11
...
0.11
...
tools
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
TTR
...
0.23-2
...
usethis
...
1.4.0
...
1.4.0
...
utf8
...
1.1.3
...
1.1.3
...
1.1.2
...
1.1.4
...
utils
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
uuid
...
0.1-2
...
viridisLite
...
0.2.0
...
0.2.0
...
0.2.0
...
0.3.0
...
whisker
...
0.3-2
...
0.3-2
...
0.3-2
...
0.3-2
...
withr
...
2.1.2
...
2.1.2
...
2.1.1
...
2.1.2
...
xfun
...
0.6
...
0.6
...
0.5
...
xml2
...
1.1.1
...
1.2.0
...
1.1.1
...
1.2.0
...
xopen
...
1.0.0
...
1.0.0
...
1.0.0
...
xtable
...
1.8-3
...
1.8-2
...
1.8-2
...
xts
...
0.11-2
...
0.10-1
...
0.10-1
...
yaml
...
2.1.16
...
2.1.14
...
2.1.16
...
2.2.0
...
zoo
...
1.8-5
...
1.8-0
...
R is a free software environment for statistical computing and graphics.
| Version | module name | build | notes |
|---|---|---|---|
| 4.0.3 | r/4.0.3 | SPACK using gcc 8.3.1 | optimized for avx, avx2 and avx512 |
| 4.0.5 | conda/r | Conda packages | Load anaconda3/2020.07 first |
| 4.1.1 | conda/spark | Conda packages | Load anaconda3/2020.07 first. For use with Apache Spark |
Seminar Slides
Installed Packages
R packages are built using SPACK optimized for the underlying CPU architecture or binary installs using Conda. Applications built by RC staff that are dependent on R use the SPACK built R packages.
| Info |
|---|
The |
| Expand | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
A comprehensive list of packages is available in the RStudio singularity images. Click here to view the list and instructions for using them outside RStudio.
