R is a free software environment for statistical computing and graphics.
...
Seminar Slides
- Programming (A. Pacheco, J. Mack)
- Visualization (A. Pacheco, J. Mack)
...
| title | Deprecated CentOS 7.x Software: Use module load cent7 to use the following modules |
|---|
Which versions of R are available?
There are four version of R available, 3.3.3, 3.4.2, 3.4.3 and 3.5.3. Of the two 3.5.3 version, one version labelled r-bio contains packages from Bioconductor for Bioinformatics research.
Usage
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
module load r-project/3.3.3 |
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
module load r-project/3.4.2 |
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
module load anaconda/python3 |
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
module load r-project/3.5.3 |
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
module load r-bio/3.5.3 |
How to install R packages?
A variety of R packages are installed however it is recommended that users install packages (newer and updated versions) in their own home directory.
The r-project/3.x.y modules sets up a variable, R_LIBS, to install packages in your home directory. Make sure the R_LIBS directory exists
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
mkdir -p ${R_LIBS} |
Start interactive R session and install package using the command
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
install.packages('packagename') |
...
If you get an error installing packages locally, then use the command
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
install.packages('packagename',lib=Sys.getenv("R_LIBS")) |
Installed Packages
...
Package
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
abind
...
1.4-5
...
1.4-5
...
askpass
...
1.1
...
1.1
...
1.1
...
assertthat
...
0.2.0
...
0.2.0
...
0.2.0
...
0.2.0
...
backports
...
1.1.2
...
1.1.1
...
1.1.2
...
1.1.3
...
base
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
base64enc
...
0.1-3
...
0.1-3
...
0.1-3
...
0.1-3
...
BH
...
1.65.0-1
...
1.65.0-1
...
1.65.0-1
...
1.69.0-1
...
bindr
...
0.1
...
0.1
...
0.1
...
bindrcpp
...
0.2
...
0.2
...
0.2
...
bitops
...
1.0-6
...
1.0-6
...
1.0-6
...
boot
...
1.3-18
...
1.3-20
...
1.3-20
...
1.3-20
...
broom
...
0.4.3
...
0.4.3
...
0.4.3
...
0.5.1
...
callr
...
3.2.0
...
2.0.1
...
1.0.0
...
3.1.1
...
car
...
2.1-6
...
caret
...
6.0-78
...
caTools
...
1.17.1.2
...
1.17.1
...
1.17.1
...
cellranger
...
1.1.0
...
1.1.0
...
1.1.0
...
1.1.0
...
chron
...
2.3-51
...
class
...
7.3-14
...
7.3-14
...
7.3-14
...
7.3-15
...
cli
...
1.0.0
...
1.0.0
...
1.0.0
...
1.0.1
...
clipr
...
0.4.0
...
0.5.0
...
0.4.0
...
0.5.0
...
clisymbols
...
1.2.0
...
1.2.0
...
1.2.0
...
cluster
...
2.0.5
...
2.0.6
...
2.0.6
...
2.0.7-1
...
codetools
...
0.2-15
...
0.2-15
...
0.2-15
...
0.2-16
...
colorspace
...
1.3-2
...
1.3-2
...
1.3-2
...
1.4-0
...
compiler
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
crayon
...
1.3.4
...
1.3.4
...
1.3.4
...
1.3.4
...
curl
...
3.1
...
3.1
...
3.1
...
3.3
...
CVST
...
0.2-1
...
datasets
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
data.table
...
1.10.4-3
...
DBI
...
0.7
...
0.7
...
0.7
...
1.0.0
...
dbplyr
...
1.2.0
...
1.2.0
...
1.1.0
...
1.3.0
...
ddalpha
...
1.3.1
...
debugme
...
1.1.0
...
1.1.0
...
DEoptimR
...
1.0-8
...
desc
...
1.2.0
...
1.2.0
...
1.2.0
...
devtools
...
2.0.1
...
2.0.1
...
dichromat
...
2.0-0
...
2.0-0
...
2.0-0
...
digest
...
0.6.14
...
0.6.12
...
0.6.13
...
0.6.18
...
dimRed
...
0.1.0
...
dplyr
...
0.7.4
...
0.7.4
...
0.7.4
...
0.8.0.1
...
DRR
...
0.0.2
...
dygraphs
...
1.1.1.6
...
1.1.1.4
...
ellipsis
...
0.1.0
...
0.1.0
...
0.1.0
...
evaluate
...
0.10.1
...
0.10.1
...
0.10.1
...
0.13
...
fansi
...
0.4.0
...
0.4.0
...
0.4.0
...
flexdashboard
...
0.5.1.1
...
0.5.1
...
forcats
...
0.2.0
...
0.2.0
...
0.2.0
...
0.4.0
...
foreach
...
1.4.4
...
foreign
...
0.8-67
...
0.8-69
...
0.8-69
...
0.8-71
...
formatR
...
1.5
...
fs
...
1.2.6
...
1.2.7
...
1.2.6
...
generics
...
0.0.2
...
0.0.2
...
0.0.2
...
ggplot2
...
2.2.1
...
2.2.1
...
2.2.1
...
3.1.0
...
gh
...
1.0.1
...
1.0.1
...
1.0.1
...
git2r
...
0.24.0
...
0.25.2
...
0.24.0
...
glmnet
...
2.0-13
...
glue
...
1.2.0
...
1.2.0
...
1.2.0
...
1.3.1
...
gower
...
0.1.2
...
graphics
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
grDevices
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
grid
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
gtable
...
0.2.0
...
0.2.0
...
0.2.0
...
0.2.0
...
gtools
...
3.8.1
...
3.5.0
...
haven
...
1.1.1
...
1.1.1
...
1.1.0
...
2.1.0
...
hexbin
...
1.27.1
...
highr
...
0.6
...
0.6
...
0.6
...
0.7
...
hms
...
0.4.0
...
0.4.1
...
0.4.0
...
0.4.2
...
htmltools
...
0.3.6
...
0.3.6
...
0.3.6
...
0.3.6
...
htmlwidgets
...
1.3
...
0.9
...
0.9
...
httpuv
...
1.5.1
...
1.3.5
...
1.3.5
...
httr
...
1.3.1
...
1.3.1
...
1.3.1
...
1.4.0
...
ini
...
0.3.1
...
0.3.1
...
0.3.1
...
ipred
...
0.9-6
...
IRdisplay
...
0.4.4
...
IRkernel
...
0.8.11
...
iterators
...
1.0.9
...
jsonlite
...
1.5
...
1.5
...
1.5
...
1.6
...
kernlab
...
0.9-25
...
KernSmooth
...
2.23-15
...
2.23-15
...
2.23-15
...
2.23-15
...
knitr
...
1.18
...
1.19
...
1.18
...
1.22
...
labeling
...
0.3
...
0.3
...
0.3
...
0.3
...
later
...
0.8.0
...
lattice
...
0.20-34
...
0.20-35
...
0.20-35
...
0.20-38
...
lava
...
1.5.1
...
lazyeval
...
0.2.1
...
0.2.0
...
0.2.1
...
0.2.1
...
lme4
...
1.1-15
...
lubridate
...
1.7.1
...
1.7.2
...
1.7.1
...
1.7.4
...
magrittr
...
1.5
...
1.5
...
1.5
...
1.5
...
maps
...
3.2.0
...
markdown
...
0.8
...
0.8
...
0.8
...
0.9
...
MASS
...
7.3-45
...
7.3-47
...
7.3-48
...
7.3-51.1
...
Matrix
...
1.2-8
...
1.2-11
...
1.2-12
...
1.2-15
...
MatrixModels
...
0.4-1
...
matrixStats
...
0.54.0
...
0.53.1
...
memoise
...
1.1.0
...
1.1.0
...
1.1.0
...
methods
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
mgcv
...
1.8-17
...
1.8-20
...
1.8-22
...
1.8-27
...
mime
...
0.5
...
0.5
...
0.5
...
0.6
...
minqa
...
1.2.4
...
mnormt
...
1.5-5
...
1.5-5
...
1.5-5
...
ModelMetrics
...
1.1.0
...
modelr
...
0.1.1
...
0.1.1
...
0.1.1
...
0.1.4
...
munsell
...
0.4.3
...
0.4.3
...
0.4.3
...
0.5.0
...
nlme
...
3.1-131
...
3.1-131
...
3.1-131
...
3.1-137
...
nloptr
...
1.0.4
...
nnet
...
7.3-12
...
7.3-12
...
7.3-12
...
7.3-12
...
numDeriv
...
2016.8-1
...
openssl
...
0.9.9
...
0.9.9
...
0.9.9
...
1.2.2
...
padr
...
0.4.1
...
0.4.0
...
parallel
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
pbdZMQ
...
0.3-0
...
pbkrtest
...
0.4-7
...
pillar
...
1.1.0
...
1.1.0
...
1.0.1
...
1.3.1
...
pkgbuild
...
1.0.2
...
1.0.3
...
1.0.2
...
pkgconfig
...
2.0.1
...
2.0.1
...
2.0.1
...
2.0.2
...
pkgload
...
1.0.2
...
1.0.2
...
1.0.2
...
plogr
...
0.1-1
...
0.1-1
...
0.1-1
...
0.2.0
...
plyr
...
1.8.4
...
1.8.4
...
1.8.4
...
1.8.4
...
png
...
0.1-7
...
0.1-7
...
pracma
...
2.2.5
...
2.1.4
...
praise
...
1.0.0
...
1.0.0
...
prettyunits
...
1.0.2
...
1.0.2
...
1.0.2
...
processx
...
3.3.0
...
3.3.0
...
3.3.0
...
prodlim
...
1.6.1
...
progress
...
1.2.0
...
1.2.0
...
1.2.0
...
promises
...
1.0.1
...
proto
...
1.0.0
...
ps
...
1.3.0
...
1.3.0
...
1.3.0
...
psych
...
1.7.8
...
1.7.8
...
1.7.8
...
purrr
...
0.2.4
...
0.2.4
...
0.2.4
...
0.3.1
...
quantmod
...
0.4-12
...
quantreg
...
5.34
...
R6
...
2.2.2
...
2.2.2
...
2.2.2
...
2.4.0
...
randomForest
...
4.6-12
...
rbokeh
...
0.6.3
...
rcmdcheck
...
1.3.2
...
1.3.2
...
1.3.2
...
RColorBrewer
...
1.1-2
...
1.1-2
...
1.1-2
...
1.1-2
...
Rcpp
...
0.12.15
...
0.12.13
...
0.12.14
...
1.0.0
...
RcppEigen
...
0.3.3.3.1
...
RcppRoll
...
0.2.2
...
readr
...
1.1.1
...
1.1.1
...
1.1.1
...
1.3.1
...
readxl
...
1.0.0
...
1.0.0
...
1.0.0
...
1.3.1
...
recipes
...
0.1.1
...
rematch
...
1.0.1
...
1.0.1
...
1.0.1
...
1.0.1
...
remotes
...
2.0.2
...
2.0.4
...
2.0.2
...
repr
...
0.12.0
...
reprex
...
0.1.1
...
0.1.2
...
0.1.1
...
0.2.1
...
reshape2
...
1.4.3
...
1.4.2
...
1.4.3
...
1.4.3
...
RJSONIO
...
1.3-0
...
rlang
...
0.1.6
...
0.1.6
...
0.1.6
...
0.3.1
...
rmarkdown
...
1.8
...
1.6
...
1.8
...
1.12
...
R.matlab
...
3.6.2
...
3.6.1
...
R.methodsS3
...
1.7.1
...
1.7.1
...
robustbase
...
0.92-8
...
R.oo
...
1.22.0
...
1.21.0
...
rpart
...
4.1-10
...
4.1-11
...
4.1-11
...
4.1-13
...
rprojroot
...
1.3-2
...
1.2
...
1.3-1
...
1.3-2
...
rstudioapi
...
0.7
...
0.7
...
0.7
...
0.9.0
...
R.utils
...
2.8.0
...
2.5.0
...
rvest
...
0.3.2
...
0.3.2
...
0.3.2
...
0.3.2
...
rzmq
...
0.9.3
...
scales
...
0.5.0
...
0.5.0
...
0.5.0
...
1.0.0
...
selectr
...
0.3-1
...
0.3-1
...
0.3-1
...
0.4-1
...
sessioninfo
...
1.1.1
...
1.1.1
...
1.1.1
...
sfsmisc
...
1.1-1
...
shiny
...
1.3.0
...
1.0.5
...
1.0.5
...
sourcetools
...
0.1.7
...
0.1.6
...
0.1.6
...
SparseM
...
1.77
...
spatial
...
7.3-11
...
7.3-11
...
7.3-11
...
7.3-11
...
splines
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
stats
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
stats4
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
stringi
...
1.1.6
...
1.1.5
...
1.1.6
...
1.4.3
...
stringr
...
1.2.0
...
1.2.0
...
1.2.0
...
1.4.0
...
survival
...
2.40-1
...
2.41-3
...
2.41-3
...
2.43-3
...
sys
...
3.1
...
3.1
...
3.1
...
tcltk
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
testthat
...
2.0.1
...
2.0.0
...
tibble
...
1.4.1
...
1.4.2
...
1.4.1
...
2.0.1
...
tidyr
...
0.7.2
...
0.8.0
...
0.7.2
...
0.8.3
...
tidyselect
...
0.2.3
...
0.2.3
...
0.2.3
...
0.2.5
...
tidyverse
...
1.2.1
...
1.2.1
...
1.2.1
...
1.2.1
...
timeDate
...
3042.101
...
tinytex
...
0.11
...
0.11
...
0.11
...
tools
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
TTR
...
0.23-2
...
usethis
...
1.4.0
...
1.4.0
...
utf8
...
1.1.3
...
1.1.3
...
1.1.2
...
1.1.4
...
utils
...
3.3.3
...
3.4.2
...
3.4.3
...
3.5.3
...
uuid
...
0.1-2
...
viridisLite
...
0.2.0
...
0.2.0
...
0.2.0
...
0.3.0
...
whisker
...
0.3-2
...
0.3-2
...
0.3-2
...
0.3-2
...
withr
...
2.1.2
...
2.1.2
...
2.1.1
...
2.1.2
...
xfun
...
0.6
...
0.6
...
0.5
...
xml2
...
1.1.1
...
1.2.0
...
1.1.1
...
1.2.0
...
xopen
...
1.0.0
...
R is a free software environment for statistical computing and graphics.
| Version | module name | build | notes |
|---|---|---|---|
| 4.0.3 | r/4.0.3 | SPACK using gcc 8.3.1 | optimized for avx, avx2 and avx512 |
| 4.0.5 | conda/r | Conda packages | Load anaconda3/2020.07 first |
| 4.1.1 | conda/spark | Conda packages | Load anaconda3/2020.07 first. For use with Apache Spark |
Seminar Slides
Installed Packages
R packages are built using SPACK optimized for the underlying CPU architecture or binary installs using Conda. Applications built by RC staff that are dependent on R use the SPACK built R packages.
| Info |
|---|
The |
| Expand | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1.8-2 |
|
Installed Packages
Coming Soon
|
A comprehensive list of packages is available in the RStudio singularity images. Click here to view the list and instructions for using them outside RStudio.
